用户使用手册

第一次使用，从这里开始

Axiom Science 帮你检索资料、分析文件、制作图表和整理研究文档。你需要告诉它研究什么、有哪些材料、希望交付什么；它会在会话里展示执行过程，并把实际生成的文件留在工作台。

先完成一个小任务，再尝试复杂分析。第一次建议不用上传文件、不用配置模型，直接按下一节完成一次文献检索。你会学会发送任务、查看来源、追问和下载结果。

• 想直接动手：从完成第一个研究任务开始。
• 已经有自己的数据：先看上传文件与引用材料，再使用可直接修改的任务模板。
• 想先看看成品：先浏览官网研究图形与 PDF 示例；登录后再按示例阅读方法查看工作台内四个完整会话。

适用版本：v6.1.0，已于 2026-10-15 上线。手册按“准备材料 → 提问 → 检查执行 → 下载结果”讲解；工具是否能运行，还取决于账号权限和已配置的资源。查看本次更新。

完成第一个研究任务

这一例不需要准备文件。目标是找几篇论文、读懂整理结果，并下载一份文献表；先熟悉流程，不必一次生成完整综述。

第 1 步：登录并进入工作台

打开官网登录页，填写用户名和密码，点击“登录并进入工作台”。登录成功后，会看到研究问题输入框及会话、项目等入口。已有账号继续使用原来的登录信息。

还没有账号时，点击登录卡片中的“注册账号”，按表单提示操作。如果页面要求邮箱验证码但无法收到，请先看注册与账号问题，不要反复提交。

第 2 步：创建会话，选择“标准”

点击左侧“新建会话”。在输入区找到“快速 / 标准 / 深度”的档位选择，第一次选“标准”。如果左侧导航折叠了，先展开导航；也可以直接在首页输入问题并发送，系统会创建会话。

第 3 步：复制下面的提问并发送

把以下文字放进输入框，点击向上的发送箭头。Enter 发送，Shift + Enter 换行。此处“文献表”是你要它生成的文件；不用事先创建。

复制提问

我想了解拟南芥根系对盐胁迫的响应。
请检索 2020—2025 年的 5 篇相关研究论文，先不要写长篇综述。
请用中文逐篇整理：题目、年份、研究对象、主要方法、主要发现、DOI 或原文链接。
请说明实际检索了哪些来源，区分已经核对的信息和未能核对的信息。
最后生成一份可下载的 CSV 文献表；不要编造论文或补全未查到的数据。

第 4 步：查看执行进度，回应需要你处理的卡片

发送后，工作台会显示本轮进度和工具调用。如果出现“需要你的回答”，填写条件并提交；如果出现授权卡，核对它准备执行的操作，再选择是否允许。两类卡片的区别见任务运行与授权。没有卡片时，继续等待本轮结束，不必重复发送同一问题。

第 5 步：核对回答和实际文件

先看回答里是否列出了论文及来源，再展开对应工具步骤，确认确实进行了检索。点击生成的 CSV 文件卡片，或在左侧“文件”入口查找。回答中写着“已生成”，不等于文件一定存在；以能打开的实际文件为准。

没有检索到足够论文时，应看到不足的说明；工具失败时，应看到失败信息。两者都不能当成已经完成。你可以按故障处理继续，而不是要求它凑足数量。

第 6 步：追问一次，再下载

在同一会话继续输入：“请把这几篇论文按实验方法分类，并指出它们的主要差异；只使用刚才已核对的文献。”需要调整表格时，再说明要增删的列。打开满意的文件，点击下载图标，检查浏览器下载列表。

这一练习完成的标志：你能找到本轮回答、对应检索记录和一份实际下载的文献表；遇到缺失项时，也知道哪些内容尚未完成。接下来可以把题目换成自己的研究问题。

认识工作台的几个位置

先记住“左侧找任务，中间提问题，文件视图看成果”。不需要先理解所有设置。图标只有图形时，把鼠标移上去即可查看按钮名称。

文件或来源区域隐藏时，使用会话顶部“右侧面板显隐”按钮展开。要回到文字交流，点击“返回对话”。搜索研究资料可使用 ⌘ K（Mac）或 Ctrl + K（Windows）。

怎样把研究问题说清楚

一句“帮我分析数据”缺少分析目标和分组，助手只能先追问。更容易执行的提问应包含下面五件事；不知道的可以明确写“尚未确定，请先问我”。

1. 研究对象：物种、基因或蛋白名称、样本类型、研究主题。名称容易混淆时，附上数据库编号。
2. 已有材料：上传了什么文件、来自什么数据库，哪些是原始数据、哪些是整理后的结果。
3. 想回答的问题：比较什么、验证什么、筛选什么；先选一个明确目标。
4. 分析条件：分组、时间范围、单位、阈值、方法限制。不要让助手猜关键实验条件。
5. 交付物：希望得到的图、表、文档及文件格式；是否需要方法、来源和生成代码。

例如，把“帮我做差异分析”改成：“我上传了表达矩阵和样本分组表，想比较处理组与对照组。请先核对样本名、数据类型和生物学重复；有缺项先问我，不要直接开始统计。”

复杂任务分两轮更容易检查。第一轮要求“检查输入并给出方案”，读完方案、补齐条件后，第二轮再明确要求“按确认的方案执行”。同一会话适合持续修订同一个研究目标；换成完全不同的问题时新建会话。

上传文件与引用材料

上传电脑里的文件

1. 先进入一个会话；首页还没有会话时，点击“新建会话”，或从“+”菜单选择“创建空白会话”。
2. 点击输入框旁的“+”（附件与更多），选择“附加文件”，再选择电脑里的文件。
3. 等待上传完成，确认输入区出现文件名。上传失败时先重试，不要在任务里假定文件已可用。
4. 写明“请分析上传的哪个文件”，补充数据含义、分组与目标，然后发送。

常见材料包括 CSV/TSV 表格、FASTA 序列、PDB 结构及 h5ad 单细胞数据。能够上传不代表对应分析工具一定可用。当前单文件上限为 200 MB；较大的研究数据应先确认可接受的输入方式，不要通过改扩展名绕过限制。

上传图片后，如果希望模型直接看图，还需要勾选对应图片的“给模型看”选项；发送前核对缩略图和选择数量。上传数据表则应另外说明每列的含义、单位和缺失值表示方法。

使用已有文件和历史结论

只在文字里写一个本地路径，不会把你电脑上的文件传给工作台。引用旧图继续分析时，选择实际文件，不能只说“用我昨天那张图”。需要固定历史版本时，在文件的版本入口选择对应版本，再核对引用标签。

任务运行、提问与授权

该选哪个档位

档位控制任务执行强度，不是模型名称。先用“标准”，遇到步骤不足时再缩小问题或选择“深度”；不必为了简单查询始终使用最高档位。

两类等待卡片怎么处理

• “需要你的回答”：助手缺少研究条件，例如分组、物种或分析范围。选择选项或填写补充说明，再点击“提交回答”。这一步是在回答问题，不是允许工具执行。
• 工具授权卡：准备执行某项操作，需要你决定是否允许。先看操作内容、涉及文件和目标服务；只想允许当前这次时，选择“允许这一次”。不确定可以拒绝，并在对话中说明原因。

卡片有超时提示时，按该提示处理；超时不会自动视为允许。你没有确认的任务条件也不应由助手当成已经确认。

停止、刷新和续接

运行时，发送按钮会变成“停止本轮”。点击后可能先显示“正在停止”，等当前执行步骤收尾。已经生成的文件和进度可能保留，回答也可能不完整；平台停止等待不保证远端服务已经停止计算。

刷新或暂时关闭页面不会代替“停止”。重新登录后，从最近会话打开原任务查看状态，先确认是否仍在运行，再决定要不要重发。v6.1.0 提供中断任务续接卡。出现后按以下顺序处理：

1. 先检查卡片列出的已完成步骤、未知状态和文件变化。
2. 如果远端服务的状态不明确，先核对已有输出，不要直接重复运行。
3. 确认需要续接后，使用卡片中的继续操作；这会开始后续执行，可能消耗用量。只查看卡片不会自动继续。

技能和数据来源怎么选

v6.1.0 内置目录包含 33 个科研技能、22 个数据连接器及 3 个指令型工作流，合计 58 项内置能力，共注册 190 个研究工具。技能把一类方法组织起来，连接器获取外部资料，工具则是实际执行的具体接口；这几项数量不能互换。按方向浏览和搜索能力目录。

“技能”可以理解为完成一类研究任务的方法与工具组合，例如文献检索、蛋白注释或绘图。第一次可以直接用自然语言描述任务，让助手选择；不需要背技能名。

1. 想指定方法时，在输入开头输入 /，或使用输入区“选择技能”入口。
2. 按名称或研究方向搜索，查看说明，选择合适的条目。
3. 确认输入区出现所选技能标签，再补充研究对象、材料和输出要求。
4. 执行后在工具记录中检查实际用了什么。选择技能表达的是你的要求，不等于该工具一定被调用或运行成功。

同样是“查蛋白”，查已知注释、寻找已有结构和重新预测结构需要不同工具。先说清楚你要哪一种；已有数据库资料能回答的问题，不必直接启动需要权重或 GPU 的计算。

按手里的材料选起点

可以要求：“请优先使用公开数据库检索；先说明找到的数据是否足够，不要直接做结构预测。”数据库返回结果、论文中的叙述和模型自己的解释，应在回答里分清。受限数据、外部服务与模型能力需具备相应权限与资源，目录里出现名称不代表已经开通。

用四个示例认识完整研究过程

官网的“示例”页面可以直接阅读 11 张图形与 8 份 PDF，也能下载原文件。页面会标明合成数据、软件模拟和方法限制；这些成品用于了解交付形式。

想学习完整会话时，在工作台左侧“项目”中打开“示例”，选择一个会话。示例保留了已有提问、执行记录及产物，适合先学习结果长什么样；打开已有结果不等于重新运行了任务。

建议按“原始要求 → 工具记录 → 实际文件 → 来源或代码”的顺序看一遍。准备研究自己的对象时，新建会话并提供自己的材料；示例里的输入、参数和结论不能直接当作你的实验结果。没有看到示例项目时，先检查当前工作区和项目列表，不必自己复制同名项目。

可直接修改的任务模板

复制后，把方括号中的内容替换为你的真实条件；不知道的部分写“请先问我”。下面是任务写法示例，并不表示相应分析已经执行。

模板一：先检查数据，再决定如何分析

复制提问

我已上传：[数据文件名] 和 [分组文件名]。
研究对象：[物种、样本类型]；想回答：[具体问题]。
请先检查文件是否可读、行列含义、样本对应关系、分组、重复和缺失值。
先输出输入检查表和建议分析方案；关键条件不清楚时先问我，不要开始正式统计。
确认方案后，我希望交付：[结果 CSV、图形及方法说明]。

第一轮读完检查表后，再补充条件。需要执行时明确说“请按刚才确认的方案执行”；要求输出原始数据对应的结果，不要用模拟数据填补缺项。

模板二：研究一个蛋白的已有证据

复制提问

研究对象：[蛋白名称、物种、UniProt 编号或已上传的序列/结构文件]。
我想了解：[功能区域、已有结构或某个变异的位置]。
请优先检索已有注释和结构，记录数据库编号、物种、版本或获取日期。
区分实验结构、预测结构和模型推测；缺少的内容明确标注。
请交付可查看的报告、相关结构或注释文件，以及来源说明。
如需要额外权重、GPU 或受限资源，先说明缺少什么，不要改用未声明的替代数据。

模板三：根据文件修订图表或报告

先用 @ 选择实际文件，再复制以下内容。若针对历史版本，先确认所选版本，避免修改错对象。

复制提问

请基于我引用的文件修订：[具体图表/报告及版本]。
需要修改：[例如坐标轴单位、分组名称、段落内容或引用格式]。
请先核对输入数据和已有批注，说明哪些地方需要重新计算。
保留原文件，输出新的版本，并列出实际改动。
不要只在回答中描述修改；请生成可打开、可下载的文件。

不知道怎样定方法时，可以只要求“列出可行方案及各自需要的输入”，先把研究问题和材料说清楚，不必自己编一个算法名称。

打开图表、结构和来源

1. 点击回答中的文件卡片，或从“文件”面板选择文件。
2. 查看文件名和版本。图像、蛋白结构及其他受支持图形可在中央展开；PDF/Markdown 在文档阅读区查看。
3. 需要看过程时，展开来源区域，查看实际记录的“代码、执行日志、消息、环境、复核”等信息。没有记录的项目不应被理解为已经验证。
4. 查看完使用“返回对话”继续交流；不要把关闭文件标签页误当作删除文件。

图表先看标题、分组、坐标轴、单位和图例，再对照输入和生成方法。三维结构可以旋转、缩放；看见结构形状不代表所有区域都具有相同置信度，应结合来源和相关置信度数据阅读。

需要改图时，添加明确批注，或在对话中指出文件、版本和修改目标。不要只说“这张图不对”；例如“第 2 版结果图的横轴缺少时间单位，请对照输入表补上，并保留原图”。

怎样判断结果能不能继续使用

先区分三个状态：“回答写出来了”“工具运行成功了”“结果已经核对”。它们不是同一件事。使用结果前，沿着以下顺序检查：

1. 输入是否正确：文件、物种、分组、版本和统计条件，是否与你提供的一致。
2. 实际做了什么：展开工具步骤，检查成功或失败状态、返回内容和执行日志。
3. 来源能否对应：论文编号、数据库记录、统计量是否能在本轮来源或实际输出中找到。
4. 复核覆盖到哪里：“未复核”“仅核对部分”不等于通过全部核对；复核通过也不等于科研结论得到最终保证。
5. 缺项是否写清：没拿到的数据、失败的计算、模拟输入和不能判断的结论，应保留对应说明。

出现“未经证据核对”时，说明不能把这一轮视为已完成来源核验。出现标识符找不到依据的提示时，先对照工具输出，不要凭答案的语气判断真假。

可以直接追问：“请把已核对结论、对应证据、未核验项整理成三列表格；没有成功执行的步骤单独列出，不要补造结果。”这样更容易知道下一步该补什么。

把结果整理成报告或论文草稿

先完成资料和分析核对，再要求整理文档。一次把内容范围、结构、引用和文件格式说清楚，可以减少来回修订。

1. 在同一会话说明要使用哪些已核对结果；跨会话材料用 @ 引用文件。
2. 提出文档结构，例如“背景、数据与方法、结果、局限、参考文献”；说明语言、读者和篇幅。
3. 指定交付格式，例如 Markdown 和 PDF。需要某种格式时明确提出；最终以实际生成的文件为准。
4. 打开文件检查图表、页码、表格、公式和参考文献，不只看聊天中的摘要。
5. 继续修订时，指出段落、页码或文件批注，要求输出新版本并说明改动。

可这样提出要求：“请只依据本会话已核对的分析结果，整理一份中文报告草稿，包含方法、结果图、来源和局限。缺少的实验信息保留为待补充项，输出 Markdown 和 PDF。”

如果只收到一段回答而没有文件卡片，可以继续说“请将以上内容实际写入文件，并给出可下载产物”。论文草稿在正式使用或投稿前仍需研究者核对数据、引用与完整性。

下载、保存与导出文件

下载单个文件

打开文件，点击查看器上的下载图标；也可以在文件面板使用对应下载入口。随后检查浏览器下载列表和电脑上的文件，确认能正常打开。页面提示“已交给浏览器下载”，不等于浏览器已经成功保存。

打包下载一个会话的产物

打开会话顶部名称旁的下拉菜单，选择“下载工件…”，或使用文件面板的 ZIP 导出入口。“工件”指任务生成的文件。当前 ZIP 导出上限为 512 MB，超过时按文件或会话分批下载。

保留可以重查的材料

除最终图或报告外，建议同时保存输入说明、结果表、生成代码及来源。文件经过修订时，核对下载的是哪个版本。关闭标签页不会删除文件；删除会话则会连同相关产物一起删除，不能用删除会话代替整理列表。

文档中的“保存草稿”“导出 ZIP”和“下载文件”是不同动作：前两者用于研究交付记录，下载则把实际文件交给浏览器。具体交付流程见组织和交付研究。

组织会话、项目和研究交付

会话保存一项研究的提问、执行过程和产物；项目把相关会话归到一起；工作区决定你当前使用哪一套个人或实验室资料及权限。先选对工作区，再整理项目。

1. 在左侧“项目”旁点击新建按钮，填写名称；需要持续使用的背景条件可写入项目共享上下文。
2. 从项目内开始会话，或在已有会话的更多菜单中将它移入项目。
3. 同一项目下的共享上下文会影响后续提问。写明长期适用的物种、数据约定或研究背景，别把只适用一次的临时条件放进去。
4. 暂时不用的会话可以归档，之后从“已归档会话”找回；要彻底删除前先下载所需文件。

“实验记录”用于整理实验计划和状态，由用户维护进度；标记“完成”不代表平台替你完成了外部实验。“交付草稿”用于汇总说明和固定版本文件：选择文件版本、保存草稿后，可导出 ZIP。本流程不提供人工签收，也不会自动向实验室发送实验。

阅读图谱与系统发育报告

图谱中的点和线分别表示对象与关系。先查看节点详情及来源，再判断某条关系意味着什么；两个对象连在一起，不自动表示因果关系。把文件纳入累计图谱前，核对会话、文件和版本。

系统发育研究需要明确物种、序列来源、比对和建树方法。可以先问：“我已有这些序列，请先检查物种与编号是否一致，再说明适合的比对和建树方案，缺少输入时先问我。”执行后应同时核对实际树文件、序列与支持度信息，不能只看成图。

v6.1.0 的 RHO 系统发育报告：可同时交付便于阅读的圆形拓扑、保留原分支长度的线性树图及支持度 CSV。圆形图用于阅读分组关系；需要解释分支长度时，应查看对应线性图和原始树文件。阅读已有图件不会重新计算序列或树；请查看本次实际生成的图件与来源，不要把展示布局当成新的计算结果。

遇到模型或算力要求时

普通登录、查看示例和提出问题，不需要先给自己的电脑安装一套计算环境。只有任务确实需要额外模型、GPU 或远程机器时，再处理对应配置。

1. 打开“设置 → 模型与任务”，查看当前模型和技能检索状态。
2. 任务提示缺少 GPU、模型权重或端点时，记录具体工具和缺失项，再查看算力或 NVIDIA 相关设置。
3. 没有相应资源时，先让助手完成不依赖该资源的资料检查或输入检查；不要让它把失败计算写成成功。

“配置已保存”不等于已经连接并验证可运行。远端路径、凭据或资源未就绪时，应先解决实际提示；不会因为选了“深度”就自动获得额外硬件。首次上手可以跳过这一节，遇到对应问题再回来。

什么时候需要连接器

连接器用于让工作台调用另一个服务，例如实验室已有的数据系统。使用平台内置工具开展第一个任务时，通常不必自己添加连接器。

1. 只有明确需要某个外部服务时，打开“设置 → 连接器”。
2. 查看已配置服务、工具及当前授权；未连接成功时先核对地址、服务状态和账号权限。
3. 执行前确认本轮准备调用哪个工具、使用哪些材料。界面显示的授权范围才是可用范围。

服务出现在目录中，不代表已经接入或可执行；添加一个地址也不会自动开通该服务的账号或数据权限。需要实验室内部服务时，应由熟悉该服务的人协助配置，不必为学习基本操作先填写这些设置。

个人、实验室和权限的区别

进入任务前，确认当前使用的是个人工作区还是某个实验室工作区。切换后，会话、文件、成员权限及用量可能不同；在另一工作区找不到文件时，先切回原工作区检查。

• 个人资料：查看自己的显示名称、机构、研究方向等信息；修改资料不会替你修改登录身份。
• 实验室与成员：查看所属实验室、成员角色和可切换工作区。实验室成员身份不代表你有全部管理权限。
• 权限：决定工具操作是允许、每次询问还是拒绝。遇到授权等待时，按具体任务决定，不必为了让任务继续就把所有权限都改成允许。
• 记忆与项目背景：用于持续沿用的偏好和约定；若要求本次采用不同条件，应在本轮提问中明确说明，并检查实际执行情况。

个人工作区不会自动取得实验室受限资源的授权；实验室订阅也不会代替第三方数据库或模型的使用许可。更改权限前，先确认需要改变的是哪项工具行为。

注册、登录和用量问题

从哪个网址登录

推荐保存正式入口 https://axiomscience.cn/#login。工作台地址为 https://www.axiomscience.cn/，未登录时会回到官网登录卡片。旧入口 axiom3.cn 在过渡期仍可使用；迁移提醒公告关闭日期为 2027/12/30。

注册要求邮箱验证，但收不到验证码

v6.1.0 已上线邮箱拥有权验证流程；但 2026-10-15 的验收确认邮件发送服务尚未配置，因此依赖验证码的新注册和绑定邮箱目前仍不能完成。已有账号继续使用原用户名与密码登录。若页面要求验证却无法完成，请保留错误提示并联系支持，不要反复创建不同账号。

提示额度不足

打开“设置 → 订阅与用量”，确认当前工作区、订阅状态、可用额度及用量明细。不同账号和实验室的额度可能不同，订阅方式和用量规则以当前页面显示为准。

忘记密码、账号不可用或持续无法登录

先核对网址、用户名和页面错误提示。无法自行解决时，通过“设置 → 使用反馈”提交问题；登不进工作台时可联系 thorinbook@gmail.com，说明用户名、发生时间和错误内容。不要发送密码、验证码或访问令牌。

卡住或出错时，按这里处理

任务一直没有继续

先看是否停在“需要你的回答”或授权卡；有待处理卡片时先回应。没有卡片则查看最新工具状态：正在执行时等待；已失败时读取错误，不要连点发送制造重复任务。刷新后从原会话重新查看。

助手说找不到上传文件

确认上传成功、文件在当前会话或工作区内，再用 @ 选择实际文件。把文件名写进问题，并说明要处理的工作表、样本或字段。只有电脑路径、截图里的文件名或另一工作区中的文件，都不能代替真实上传或引用。

提示工具、模型或资源不可用

记录具体工具名和原始错误。缺输入先补输入；缺权限先核对授权；缺服务、权重或算力则按对应设置处理。你可以让助手“保留已完成部分，列出剩余步骤和缺少条件”，不要要求它绕过失败编一个结果。

得到的答案很泛，或和预期不一致

补上研究对象、数据、比较条件和交付物。对已经完成的任务，指出具体差异，例如“请核对处理组与对照组是否用反”“这段结论没有对应来源，请单独列为未核验”。只说“重新做好一点”很难定位问题。

找不到图、报告或下载文件

先在原会话“文件”中查找；没有实际文件时，要求助手生成文件，不要只给文字描述。能打开但下载失败时，检查浏览器下载记录、权限和是否拦截了多个下载；ZIP 太大则分批导出。

会话或文件看起来消失了

先确认账号和工作区，再检查搜索、所属项目及“已归档会话”。列表读取失败与“列表为空”是不同状态，看到读取错误时先重试。不要通过删除会话或清理数据尝试修复。

仍然无法解决

向支持提供：发生时间、正在做哪一步、会话名称、文件名、完整错误提示，以及预期看到什么。可以附不含敏感信息的界面截图。这样比“不能用”更容易定位；支持入口见账号与联系。