用户使用手册

2026 年 8 月 · 检索 · 分析 · 绘图 · 结构预测 · 论文写作 —— 用中文把研究做完

平台总览

一句话定位

把研究问题用中文说清楚，平台调用真实的专业数据库、离线分析容器与生成式模型，替你完成检索、计算、绘图、结构预测与论文成文，全部产物留在会话里供查看、下载与复用。

三条产品纪律（理解了它们，用起来才顺）

1. 可溯源：答案里的每个数值/编号都要求有本轮工具输出作依据。「异源复核」会自动核对——编造的 PMID、与工具返回矛盾的数值都会被标出并触发修正。
2. 图先行：分析与论文任务先规划主图、真实产出，再组织文字。图不是装饰，是任务的骨架。
3. 诚实标注：数据库查不到、API 暂时不可用时，助手会如实说明并标注替代来源，而不是编一个数。

你能得到什么产物

SVG/PNG 出版级图表、双栏 PDF 论文、Word/PPT/Excel 文档、3D 结构文件（PDB/mmCIF）、知识图谱、FASTA/CSV 数据文件、代码与运行记录（Notebook）。所有产物带版本链与批注。

十分钟快速上手

1. 注册登录：打开 www.axiom3.cn → 注册（用户名 + 密码，每个网络限一个账号）→ 自动进入工作台，新账号自带试用积分。
2. 新建会话：点「+ 新建会话」。
3. 第一问：选「标准」档，输入——
   查一下 TP53 基本信息与它在肺腺癌里的生存意义，画一张 KM 曲线存 out/km.png
4. 观察状态行：动画词 + 用时 + 正在运行的工具名 + 模型思考片段。工具调用前若弹审批卡，点「允许」。
5. 读答案：答案下方的 GENERATED 条是本轮交付物（KM 曲线图），点击在右栏打开。答案下方的复核卡片告诉你数值核对结果。
6. 追问与引用：输入 @ 引用刚生成的图继续分析。
7. 收尾：侧栏 ⋮ 菜单重命名会话、或「下载全部工件」打包带走。

工作台界面详解

首页

• 最近会话：按「今天 / 最近 7 天 / 最近 30 天 / 更早」折叠分组——点组名展开/收起。
• 项目：相关会话归入一个项目统一管理（如「肝癌课题」）。
• 搜索：右上角放大镜或 ⌘K，全局搜工件与会话。

会话页三栏

• 左栏：文件、算力、自定义入口 + 会话列表。每个会话条目带 ⋮ 菜单：重命名 / 下载全部工件（zip）/ 归档 / 移到项目 / 删除（连同工作区，不可撤销）。
• 中栏：对话主体。底部输入框支持 / 点名技能、@ 引用工件、# 引用会话；可直接拖入文件。
• 右栏：产物查看器 + 全部文件 + Notebook + 用量。拖动分隔条可调宽度，可整栏折叠。

任务并行

平台允许同时进行 4 个提问（多会话或多轮），互不干扰。超限时提示「同时进行的提问已达上限」，等任一任务完成即可。

断连保护

运行中的任务在服务端继续执行——刷新页面、切换会话、关掉浏览器都不会取消它；回来时能看到完整进度与产物。只有点「停止」才会终止本轮（已完成部分照常保留）。

对话与任务控制

把问题问清楚

一句话说清对象 + 数据来源 + 交付物，能省一半时间：

口径不确定时（物种/窗口/阈值/交付形式），助手会主动弹提问卡让你选——点选项或自由输入后任务自动继续，提问不消耗步数。

三档任务深度

档位	步数上限	自动复核	适用
快速	3 步	否	一句话问答、简单改写
标准	8 步	是	常规检索、单图绘制、多轮调研
深度	32 步	是	整篇论文、多图联动、跨库数据管道

审批卡与授权粒度

调用第三方连接器等敏感操作前会弹审批卡：允许一次 / 本会话都允许 / 一直允许。选「一直允许」后写入设置，可在设置里吊销。

复核与自动修正

标准/深度档每轮由另一个模型复核答案中的数值、标识符、文件名是否真有工具输出作依据：全部有据 → 绿色「通过」；发现 major 问题（编造编号、与工具输出矛盾、把失败说成成功）→ 黄卡列出明细并触发自动修正——修正稿替换原文，原稿在复核卡里留档。

任务收尾

• 撞到步数上限时助手会说明完成了什么、还差什么；发「继续」接着做。
• 「下载全部工件」把本轮产物打包 zip。
• 结果不满意：直接说哪里不对（复核与自纠会处理具体指认）。

技能大全（41 个）

行首 / 点名技能（如 /plot），点名后本轮强制优先使用。带 GPU 标记的技能需要算力节点，其余技能开箱即用。

文献与知识

技能	说明
litreview	检索并汇总文献（OpenAlex + PubMed 双源），产出带引用的综述提纲。
biorxiv	bioRxiv / medRxiv 预印本：按日期窗口列新预印本、查版本、查已正式发表条目。
morning	科研日常简报：按关注主题汇总时间窗内新文献与数量对比图。
reactome	Reactome 权威通路：按基因/关键词检索通路、成员分子与层级结构。
regulation	转录调控：JASPAR 基序、ENCODE 功能基因组实验检索。
resources	抗体注册库与 Grants.gov 经费检索。

基因、基因组与变异

技能	说明
genes	基因 ID 互转与 GO 功能注释，是把各技能串起来的胶水。
genomes	Ensembl 基因组查询：坐标结构、VEP 变异效应、同源基因、序列获取。
biomart	BioMart 批量查询：ID 互转、转录本、区间取基因、同源与结构域。
variants	gnomAD 群体频率与约束指标、ClinVar 致病性分类。
gwas	GWAS Catalog 关联查询（仅人类性状与变异）。
civic	CIViC 临床变异证据与可行动性。
expression	GTEx 基因组织表达并出图。
rna	RNAcentral 非编码 RNA、R2DT 二级结构。
omics	GEO / BioStudies / PRIDE 公共组学数据检索。
seqdata	ENA 测序数据检索与 nf-core samplesheet 生成。
singlecell	CZ CELLxGENE 单细胞数据集检索（2.85 亿细胞）。

蛋白与结构

技能	说明
uniprot	UniProt 蛋白条目：功能、结构域、序列、PDB 清单。
proteinreport	结构化蛋白报告：AlphaFold 结构、Pfam 结构域、ClinVar 变异聚合。
alphafold	AlphaFold DB 预测结构（2 亿+）与 AlphaMissense 致病性。
fold	ESMFold 序列折叠（400 aa 内）与骨架叠合比较。
rcsb	PDB 结构检索与下载。
esm2 GPU	蛋白序列表征与逐位点伪困惑度，变异效应初筛。
proteinmpnn GPU	主链反向设计序列，序列不出容器。
ligandmpnn GPU	配体感知的反向序列设计。
solublempnn GPU	偏向可溶性表达的反向设计。

药物与临床

技能	说明
compounds	ChEMBL 化合物活性、PubChem 性质、按靶点列效价最高化合物。
pharmacology	IUPHAR/BPS 靶点-配体药理数据。
indication	适应症调研档案（Open Targets 评分 + 近期文献）。
trials	ClinicalTrials.gov 试验检索与研发格局。
fda	openFDA 审批、说明书与同类药物统计。
cancermodels	cBioPortal 队列突变谱。
tcga	TCGA 队列临床生存数据（直接喂 KM 绘图）。

分析与生成

技能	说明
python	离线容器执行 Python，代码与输出留档。
bionemo	NVIDIA BioNeMo 生成式模型（Evo 2 / Boltz-2 / OpenFold3）。
scvi GPU	单细胞质控、UMAP、批次校正与差异表达。
kg	实体关系抽成知识图谱（.graph.json）。

写作、绘图与排版

技能	说明
plot	出版级绘图（柱状/折线/散点/热图/火山/KM/森林/多面板）。
office	Word / PPT / Excel 文件直接生成。
typeset	Typst 源码编译 PDF（默认排版引擎）。
texset	LaTeX（xelatex 全链）编译，投稿要 .tex 时用。

NVIDIA 生成式模型与 GPU 算力

BioNeMo：三个生成式模型（平台已配好 key）

模型	能力与产物
Boltz-2	共折叠 + 结合亲和力：蛋白/DNA/RNA 链与小分子输入，输出复合物结构与亲和力评估。
OpenFold3	高精度结构预测（支持复合物）：mmCIF 结构 + 逐残基 pLDDT 置信度。
Evo 2	基因组基础模型：DNA 序列续写生成（上限 100kb）。生成模型，不做变异打分。

GPU 技能家族

esm2（表征/变异初筛）· proteinmpnn / ligandmpnn / solublempnn（三类序列反向设计）· scvi（单细胞分析）。无 GPU 环境走算力节点远程执行：首页「环境安装」按钮一条命令把你的 Linux 机器接成平台算力节点。

连接器（MCP）

连接器把第三方 MCP 服务接入对话，内置目录 15 个：

连接器	说明
PubMed（官方）	3600 万+ 生物医学文献与临床研究检索。全目录唯一免认证连接器。
Synapse.org	公开或私有项目中的数据共享与分析。
BioRender	经审核的科学插图、图标与模板库。
Consensus	2 亿+ 论文的 AI 检索与证据合成。
Wiley Scholar Gateway	权威、经同行评审的科学内容。
bioRxiv & medRxiv	生命科学预印本服务器。
ClinicalTrials.gov	50 万+ 临床研究注册信息。
ChEMBL	生物活性化合物与药物数据库。
Open Targets	治疗性药物靶点优先级排序。
10x Genomics	自然语言单细胞与空间分析。
ToolUniverse	600+ 经审核的科学工具聚合。
Owkin	HistoPLUS 病理 agent。
Cortellis（Clarivate）	全球药品监管情报。
AdisInsight（Springer Nature）	药物研发管线、试验与交易情报。
Medidata	临床试验入组数据与中心表现。

连接器使用方式

1. 设置 → 连接器 → 「添加连接器」：从内置目录选择，或填自己的 MCP 服务地址。
2. 对话中点名调用（如「用 PubMed 官方连接器检索…」）。
3. 首次调用弹审批卡：按「一次 / 本会话 / 一直」放行；授权记录在设置里可吊销。
4. 需要认证的连接器按提示配置凭据。

绘图指南（plot）

入口	图型与能力
chart	柱状、折线、散点、直方、箱线、饼、小提琴；双 Y 轴、对数轴、误差棒、分组着色。
heatmap	热图；可选行列聚类与行 z-score 标准化。
stat	火山图、MA 图、GO 富集条图、森林图、KM 生存曲线（自带 log-rank）。
figure	多面板组合图：自动 a/b/c 角标、面板自适应。
diagram	机制/流程/网络示意图：节点框自适应、力导向布局。

绘图规范（平台强制）

• 数值轴自动稀疏刻度；类别超过 40 个会被拒绝并提示聚合/筛选。
• 字段名给错时，报错会列出可用字段，模型能自行纠正。
• 暂无现成图型的，用 python 技能 matplotlib 直接实现。

论文写作（/paper）

/paper 指令型技能：把一轮研究整理成投稿级稿件。核心纪律图先行：先规划 Figure Plan（3-6 张主图）→ 绘图技能真实产出 → 自动插入正文 → 编译交付。

• 交付：默认双栏 PDF（Typst）；要 Word 走 make_docx；要 LaTeX 用 texset。
• 结构：Abstract / Introduction / Results / Discussion / Methods / References 六节。
• 硬性纪律：每个数值可溯源；引用只收本轮真实检索到的文献（DOI/PMID）。
• 自动防线：灰底占位框冒充图 → 拒绝；编译报错 → 自动定位段落。

知识图谱

• 用 kg 技能把实体关系抽成图谱：.graph.json 在前端是 Cytoscape 交互图（拖拽/缩放/点节点看属性）。
• 产物卡上点「纳入图谱」：合并进租户级总图，跨会话长期积累。
• 图谱页可看全图统计（节点/边/类型分布/来源会话数）。

产物管理与查看器

• GENERATED 产物条：只显示交付物；中间数据在右栏「全部文件」。
• 查看器：图片（缩放+批注锚点）、3D 结构、化学结构（Ketcher）、PDF 预览、Office 预览、知识图谱交互、表格/代码高亮。
• 版本链：同名产物重跑形成 v1/v2…，可对比、可按版本下载。
• 批注：对任意产物写笔记，随文件保存。
• Notebook：全部 Python 代码单元按执行顺序留档。

凭据与数据安全

• 凭据（设置 → 凭据）：第三方 API key。标注「平台提供」的由运营统一配置；自配同名 key 可覆盖。
• 安全口径：凭据明文存服务端 0600 文件；值永不出接口、永不进模型上下文，只在技能声明使用时注入对应容器。会话与产物保存在平台服务器；技能容器离线运行，出网仅限白名单域名。

常见问题

现象	说明与处理
「模型服务连接波动，N 秒后重试」	模型服务瞬时限流，平台自动退避重试，通常几十秒内恢复。
答案下方黄色 Reviewer 卡	minor 为口径性小出入（可放心）；major 会触发自动修正，建议点开明细。
任务停在某步不动	「正在运行 <工具名>」且计时在走 = 在等真实数据库返回；「等你回答」= 提问卡在等人。
GDC/TCGA 返回 5xx	NCI 数据源偶发不可用，助手会如实标注。
「同时进行的提问已达上限」	并发上限 4 个；等任一任务完成再发。
「步数用尽」	切深度档或直接发「继续」。
报「没有可用数值 / 字段不存在」	按报错里列出的可用字段改参数即可。
删除的会话能找回吗	不能。重要产物先「下载全部工件」。
想看每一步的代码和输出	右栏 Notebook 面板：全部单元按执行顺序留档。

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