为研究，准备好方法与工具。

从 OpenAlex、PubMed 检索文献，整理带来源的研究提纲与综述材料。

按主题与时间窗口汇总新文献或临床试验更新，保留检索来源。

检索通路、成员分子、层级关系及基因参与情况，辅助功能解释。

汇总 Open Targets 的靶点与疾病证据及相关文献，形成适应症调研材料。

解析 ENA 公共测序元数据与 FASTQ 地址，准备 nf-core 样本表。

从 NCI GDC 提取 TCGA 队列的生存时间、事件和临床字段，供后续统计使用。

ORF、线性/环状酶切、PCR、引物、CRISPR 与 Golden Gate 计算，保留坐标与方法限制。

FASTQ 质量检查、minimap2 比对及 SAMtools/BCFtools 小变异计算，记录参考与样本。

PyLiftover 点坐标转换、DNAcopy 相对信号分段与 SuSiE RSS 精细定位；不做临床判读。

单细胞质控、嵌入、注释、批次校正与差异分析；需明确输入及训练参数。

受控 R/Bash 科学计算，含 MAFFT、IQ-TREE、DESeq2 与 edgeR，保留实际运行产物。

富集与 GSEA、酶学/ITC、CFU、光谱、节律与压力周期等计算，核对条件和单位。

COBRA/GLPK 通量平衡分析与显式质量作用 ODE，保留边界条件及求解状态。

RDKit 理化描述符、Morgan 指纹和 ETKDG/MMFF 构象，交付结构、表格和参数。

使用明确准备的蛋白与三维配体执行 Vina 对接，保留盒、种子、坐标和日志；评分不等于实验亲和力。

固定官方权重的 ADMET-AI CPU 集成预测，保留任务单位与结果；不含 DrugBank 百分位。

整合蛋白注释、预测结构、结构域及变异记录，生成可查看的蛋白报告。

通过 ESMFold 公开接口处理 400 aa 以内序列，并与参考骨架比对；受外部接口状态限制。

计算蛋白序列表征和逐位点伪困惑度，用于候选探索，需具备模型与算力。

给定蛋白主链，生成候选氨基酸序列；需已配置权重与执行资源。

在配体、辅因子或金属环境下设计候选蛋白序列，需相应权重与算力。

基于主链生成偏向可溶性表达的候选序列；可溶性仍需实验验证。

调用 NVIDIA 托管生物模型；需用户配置凭据与服务权限，可能产生外部费用。

固定 CellposeSAM 权重的离线二维分割，输出整数掩模、流场与区域像素量；不声明临床准确率。

NIfTI 三维图像的空间检查、阈值区域定量与掩模比较，不包含自动诊断。

流式线性补偿与矩形门控、生长/4PL 曲线及 CD 归一化；使用明确输入，不连接设备。

用 PyLabRobot 执行受控移液脚本的软件模拟，检查吸头与体积追踪，不连接硬件。

离线 Python 数据处理和计算，预装常用科学库，保存代码与输出。

统计图、热图、火山图、生存曲线和多面板图形，可生成 SVG 与 PNG。

将实体、关系与属性保存为图谱文件，在工作台中交互阅读与积累。

把结果整理为 Word、PowerPoint、Excel 文件，文件可下载并保留版本。

将 Typst 稿件与图表编译为 PDF，记录编译失败及日志。

在明确需要 LaTeX 源稿或期刊模板时编译 PDF，保留源文件和编译日志。

查询蛋白序列、功能、结构域和已有结构清单。

获取已存在的预测结构与置信度；区别于重新进行结构预测。

检索 PDB 结构及条目元信息，获取结构文件用于后续研究。

检索 ChEMBL 化合物与活性、PubChem 分子性质。

查询 IUPHAR/BPS 的靶点、配体和相互作用记录。

基因标识符互转、位置与 GO 注释。

Ensembl 基因结构、序列、同源与变异效应，主要覆盖动物物种。

使用 Ensembl 官方 2026 年 6 月档案做批量注释；不是当前发布库。

查询 gnomAD 频率、约束指标及 ClinVar 分类，保留来源与解释范围。

GWAS Catalog 人类性状关联查询；区分页内数量与总数。

查询 CIViC 收录的变异、药物和证据等级。

从 GTEx 查询组织表达与基因间比较。

RNAcentral 序列、家族、交叉引用与 R2DT 二级结构。

检索 GEO、BioStudies/ArrayExpress 与 PRIDE 数据集元信息。

在 CZ CELLxGENE 中按组织、细胞类型、疾病等条件找公开数据集。

查询 JASPAR 基序与 ENCODE 功能基因组实验记录。

bioRxiv/medRxiv 预印本检索、版本与发表状态查询。

查询 ClinicalTrials.gov；不包含 ChiCTR 的自动检索，需另行人工核查。

查询 openFDA 药品审批、说明书与相关监管记录。

从 cBioPortal 查询癌症队列、突变谱与相关统计。

检索抗体与 RRID、Grants.gov 资助机会。

查询 STRING、dbSNP、Monarch、UniChem、DailyMed、UCSC 等；KEGG/ReMap 依实验室授权。